Sam Fisher Als Geheimagent Sam Fisher führt der Spieler im Auftrag der geheimen Operationsstruktur Third Echelon der National Security Agency (NSA) Aufträge aus. Third Echelon ist die Antwort der Vereinigten Staaten auf die immer größer werdende Bedrohung des Cyber-Terrorismus. Deren Einheiten werden als Splinter Cells (Splitter-Zellen) bezeichnet. Diese agieren stets allein und sind im Einsatz bis auf eine permanente Verbindung mit dem Hauptquartier auf sich selbst gestellt. Third Echelon ist als „streng geheim“ eingestuft, die Existenz wird von der US-Regierung geleugnet.